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　　然而，到了后半生，连雅堂埋头书房，呕心沥血，撰写《台湾通史》，给世人留下一笔丰厚的精神财富。这本书在台湾文献史的地位甚高，上溯隋朝，下至甲午，涉及近千余年之史事，凡88篇，于1921年正式出版。连雅堂也因此而成为台湾的一代名儒。台湾著名学者林衡道称赞他是“日本统治台湾51年中，台湾文化界第一人”。　　连雅堂写《台湾通史》也与他父亲的影响有关。13岁时，父亲连得政买了一套《台湾府志》送给儿子，并告诉他：“你是台湾人，不可不知台湾事”，这对从小受过良好教育的连雅堂而言有着重要影响。　　此外，连雅堂还陆续完成《读墨十说》、《台湾赘谈》、《中国文字学上之古代社会》等书稿。　　连雅堂尽管奔波海峡两岸，从事新闻与文化工作，并有巨著问世，但在当时并未受到太大重视，因而连家在他这一辈并无显赫地位，家境也不甚好，被他的好友、台湾大学教授杨云萍称为“没落地主之后”。1936年6月28日上午10时，连雅堂因肝癌病逝于上海，享年59岁。

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