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杜姓的来源有多种说法。

在《世本》中有“杜康作酒”的记载，并注为“黄帝时人”。《酒诰》也记载到：“酒之所兴，肇自上皇。”这说明黄帝时期已有杜姓。传说杜康是黄帝的宰人（掌管膳食的官），而黄帝所居之地“轩辕丘”，在今河南新郑。许慎在《说文解字》中说：“古者少康初作箕帚、秫酒。少康，杜康也。”少康是夏朝第6代国王，居住在今河南西部。所以，如果说杜康是杜姓始祖，那么，这个姓至少也有四五千年了。但因年代久远，杜康以后的世系缺乏文字记载，一些姓氏书对杜姓起源另有说法。

《通志·氏族》载：“杜氏，亦曰唐杜氏，祁姓，帝尧之后，建国于刘，为陶唐氏，裔孙刘累以能扰龙事孔甲，故在夏为御龙氏，在商为豕韦氏，在周为唐杜氏。成王灭唐，而封叔虞，乃迁唐氏于杜，是为杜伯......居杜城者为杜氏......又后魏有独孤浑氏，改为杜氏，实虏姓之杜也。”

据考证，唐尧的后裔在周武王初定天下时，仍是一个独立的国家，名为唐杜氏，直至周成王时才被灭，并入周室的领域。唐杜氏的后裔从此被改封为杜。杜国，位居现在的陕西长安，即汉代的杜陵。后来，杜国灭，杜姓子孙出奔，杜姓自此问世。

另外《魏书·官氏志》记载，鲜卑族原有三字姓独孤浑氏，北魏孝文帝迁都洛阳（今属河南）后，改为杜氏。

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